Tytuł ten nadany został sanktuarium Matki Bożej w roku 1973, oznacza dosłownie - kościół papieski. Poza Rzymem, gdzie znajdują się tzw. bazyliki większe, wszystkie inne bazyliki na świecie noszą nazwę bazylik mniejszych.

Bazylika kodeńska - jako świątynia pod wezwaniem św. Anny - została wybudowana w latach 1631 - 40, w stylu renesansowym, przez Mikołaja Sapiehę. Obraz do roku 1875, znajdował się wraz z ołtarzem w dzisiejszej kaplicy św. Szczepana. Ołtarz powstał w roku 1722 srebrna sukienka, znajdująca się dzisiaj na zasłonie obrazu umieszczona była wówczas bezpośrednio na obrazie. Pierwotna drewniana zasłona obrazu, z umieszczonym na niej wizerunkiem Matki Bożej, znajduje się dzisiaj w kościele św. Ducha na Kalwarii. W roku 1680 poważnie zniszczył świątynię wielki pożar Kodnia.

Za rządów Jana Fryderyka Sapiehy świątynia została poważnie rozbudowana. powstały dwie nowe kaplice przy wieży kościoła. Zarówno wieżę, jak i nowo wybudowane kaplice przysłonięto w latach 1709 - 20 przepięknym, o niespotykanej w Polsce formie, parawanowym, wykonanym w stylu bogatego baroku, frontonem. W zamierzeniach Sapiehy było, prawdopodobnie, dobudowanie w przyszłości dwóch bocznych naw, poprzez połączenie murami nowych i dawnych kaplic. Jak widać, już na ówczesne potrzeby, świątynia była za ciasna. Za życia Jana Fryderyka, z jego inicjatywy powstała Galeria portretowa rodu Sapiehów. Licząca 75 portretów, umieszczonych w rzędach, na czołowej ścianie dzisiejszej kaplicy św. Józefa, galeria, została przewieziona w roku 1875 do nowej siedziby Sapiehów kodeńskich w Krasiczynie. 51 portretów znajduje się obecnie w muzeum w Przemyślu. W tym czasie powstał także ówczesny ołtarz główny, znajdujący się obecnie w kościele parafialnym we wsi Kadzidło na Kurpiach. Obecnie można oglądać piękny, włoskiej szkoły, obraz z tego ołtarza, wiszący na czołowej ścianie w kaplicy św. Szczepana. Przedstawia on św. Annę. ściany świątyni zdobiło w tym czasie ponad 100 obrazów, liczne epitafia i wota. Nieomalże całe to bogactwo zostało zrabowane, zniszczone, bądś przewiezione do innych parafii. Niewiele z tego udało się odzyskać w roku 1927 i póśniej. Wróciło jedynie to, co udało się rodzinie Sapiehów - przy likwidacji świątyni - wywieść do Krasiczyna. W ten sposób ocalał m.in. ołtarz Matki Bożej. Pod prezbiterium znajduje się krypta, w której chowano przedstawicieli miejscowego duchowieństwa. Krypty były także pod obiema kaplicami bocznymi. Pod kaplicą Matki Bożej chowano ciała Sapiehów a pod kaplicą św. Krzyża dzisiejszą św. Józefa okoliczną szlachtę.

Wojny, a co za tym idzie, rabunki, zniszczenia nie oszczędziły również krypt i znajdujących się tam zwłok. Trumny ze zwłokami Sapiehów zabrano do Krasiczyna. Dzisiaj wszystkie krypty są puste, a wejścia do nich zamurowane. W roku 1927 świątynie przekształcono z powrotem na kościół rzymsko-katolicki. świeciła ona pustkami. Nie było nawet ołtarza, gdzie by można było umieścić powracający z Jasnej Góry Cudowny Obraz Matki Bożej. Jako ołtarz główny od 1929 roku służy do dzisiaj, dawny boczny ołtarz Matki Bożej. Dzisiejszy wystrój kościoła powstał w okresie międzywojennym. Zawdzięczamy go panu Marianowi Kiersnowskiemu i po części jego synowi Stefanowi.

Szczególnie wiele pracy włożył w odnowienie świątyni ten pierwszy, który z własnej woli zamieszkał w Kodniu przy klasztorze i resztę swego życia poświęcił wystrojowi świątyni. Dziełem jego są wszystkie boczne ołtarze, a także retabulum św. Feliksa. Ten skromny, bogobojny i bardzo pracowity człowiek, tym czego dokonał, zasłużył sobie na trwałą wdzięczność i pamięć wiernych.

W czasie II wojny światowej świątynia, choć częściowo zniszczona, cały czas jednak była czynna i dostępna dla pielgrzymów i parafian. W okresie powojennym parafia kodeńska obchodziła wiele uroczystości: W 1969 roku odbyły się Uroczyste Obchody 150-lecia istnienia Diecezji Siedleckiej. Na zaproszenie Ordynariusza Diecezji Ks. Bpa Jana Mazura wziął w nich udział Episkopat Polski. Mszę św. celebrował Metropolita Krakowski Arc. Karol Wojtyła, a słowo Boże wygłosił ówczesny prymas Polski Ks. Kardynał Stefan Wyszyński.

W roku 1973 przypadła 250-ta Rocznica Koronacji Cudownego Obrazu Matki Bożej Koronami Papieskimi. Dla uświetnienia obchodów tej rocznicy, na wniosek Biskupa Podlaskiego i przy poparciu Episkopatu Polski, Papież Paweł VI Listem Apostolskim Cum Romani Pontifices, z dnia 19 maja 1973 roku wyniósł świątynię kodeńską do rangi Kościoła Papieskiego, nadając jej tytuł Bazyliki Mniejszej. Na główne Uroczystości Jubileuszowe, które odbyły się 15 sierpnia, papież wystosował osobisty list z życzeniami i gratulacjami.

Rok 1977 to rok radosnego Jubileuszu powrotu do Kodnia Cudownego Obrazu Matki Bożej. Głównym Uroczystościom 15 sierpnia przewodniczył Kardynał Karol Wojtyła, który w obecności 22 biskupów poświęcił w kodeńskiej bazylice pamiątkową tablicę, ku pamięci bohaterów Unitów Podlaskich. 350 lat pobytu Cudownego Obrazu Matki Bożej w Kodniu, obchodzono bardzo uroczyście 15 sierpnia 1981 roku. Liczny udział w tej uroczystości wzięli biskupi z prymasem Polski Księdzem Kardynałem Józefem Glempem na czele i dziesiątki tysięcy pielgrzymów. Odnowiono z tej okazji całą świątynię.

Obraz Matki Bożej Kodeńskiej jest wyeksponowany w pięknym, barokowym ołtarzu prawdopodobnie autorstwa jednego z najlepszych polskich rześbiarzy XVIII wieku- Bartłomieja Bernatowicza z 1722 roku. Historia obrazu jest niezwykła. Przytacza ją w swojej kronice pt. "Monumenta, albo zebranie starożytnych ozdób Przenajświętszej Bogarodzicy Kodeńskiej", z roku 1721 Jan Łukasz Fryderyk Sapieha.

Przenieśmy się w daleką przeszłość, do 1631 roku. Oto jeden z Sapiehów, czwarty dziedzic Kodnia - Mikołaj, już za życia mający przydomek "Pobożny", wznosi mury tej świątyni. Miała ona być ukoronowaniem jego pobożnego życia. Miała przypominać symbolicznie rzymską Bazylikę św. Piotra. Stąd na zwięczeniu tzw. transeptu, czyli na przecięciu nawy kościoła z bocznymi kaplicami, znajduje się eliptyczna kopuła zakończona "latarnią". Istnieje hipoteza, że murowany kościół p.w. św. Anny projektował i nadzorował jego budowę włoski architekt nieznanego imienia. Wiadomo, że wykonawcami byli tzw. muratorzy lubelscy. świadczy o tym rodzaj dekoracji pokrywających gęsto sklepienia świątyni. Są to sztukaterie typu lubelskiego, wykonane w stiuku. To co uderza to mnogość, wręcz natłok tych dekoracji w stosunku do szczupłości wnętrza świątyni i to zarazem, gdy chodzi o jej formę jak i tematykę. Pod tym względem świątynia kodeńska jest godnym uwagi wyjątkiem. Istnieją dwie teorie tłumaczące ten stan. Jedni twierdzą, że to bogactwo form i treści jest zapowiedzią baroku. Inni wręcz przeciwnie uważają, że jest to schyłek stylu lubelskiego idący w kierunku prymitywizacji i nie powtarzającej się już w żadnym ze stylów stosowanych w świątyniach polskich.

Kiedy mury kościoła były już na ukończeniu, zachorował Mikołaj Sapieha. Był to prawdopodobnie paraliż. Dla człowieka tak aktywnego, była to tragedia. Żadne dostępne wówczas środki medyczne - niestety - nie pomagały. Wtedy to, tak jak tonący "chwyta się brzytwy", tak Mikołaj Sapieha uchwycił się rady, jaką podsunęła mu jego żona, Anna z Wojnów. Poradziła mu mianowicie, by odbył pokutną pielgrzymkę do Rzymu. Wierzyła bowiem, że tam w świętym Mieście, wspólnie wybłagają dla Mikołaja cudowny powrót do zdrowia. Mikołaj Sapieha rzeczywiście w to uwierzył. Jeszcze tego roku pojechał z żoną i licznym orszakiem do Rzymu. Po licznych perypetiach, szczęśliwie dociera do Wiecznego Miasta. Tam udaje mu się uzyskać prywatną audiencję-posłuchanie u papieża Urbana VIII. Na tym spotkaniu przedstawia papieżowi cel swojej pielgrzymki do Rzymu. To co najbardziej uderzyło i zadziwiło papieża w tym pielgrzymie z dalekiego wschodu, to wiara. Wiara prosta, ufna, jak wiara małego dziecka, granicząca niemalże z pewnością, że wróci z Rzymu jako człowiek zdrowy. Zbudowany tą wiarą papież zaprasza Mikołaja na Mszę św. do swojej prywatnej kaplicy na Watykanie. Podczas tej Mszy Mikołaj modli się bardzo gorąco do Maryi, której obraz - według kronikarza - znajdował się w ołtarzu watykańskiej kaplicy. Spójrzmy teraz na ołtarz, w którym umieszczony jest obraz. Jest z nim związana piękna legenda, której ilustracją jest wspomniany ołtarz. Legenda ta tłumaczy nam dwa tytuły Matki Bożej, którą nazywano: Matką Bożą Gregoriańską, bądś Matką Bożą Gwadelupeńską. Otóż przed wiekami, w prywatnej kaplicy papieskiej na terenie Watykanu miała znajdować się cudowna figura Matki Bożej. Papież Grzegorz Wielki (którego postać widzimy w ołtarzu po lewej stronie od obrazu) postanowił tę figurę podarować swojemu przyjacielowi biskupowi Leandrowi (postać w ołtarzu za figurą papieża). Biskup umieścił figurę w sanktuarium w miejscowości Guadelupe w Hiszpanii, skąd pochodził. Figurę - jak mówi legenda - wyrześbił św. Łukasz Ewangelista. Postać Łukasza widzimy po prawej stronie obrazu, a tuż za nim św. Augustyna - biskupa. Jego poprosił papież, aby namalował obraz Matki Bożej. św. Augustyn był świetnym malarzem. Tak powstał obraz Matki Bożej. Od imienia papieża został nazwany Matką Bożą Gregoriańską bądś Gwadelupeńską - od miejscowości Guadelupe w Hiszpanii. Obraz umieszczona na miejscu cudownej figury Matki Bożej. Tyle mówi legenda. Do tej Madonny zanosi swoje modły Sapieha. W czasie gdy papież Urban VIII sprawuje Ofiarę Mszy św., Mikołaja, jak potwierdza kronikarz, ogarnia pragnienie posiadania tegoż obrazu. Równocześnie odczuwa, że wracają mu siły, że wraca mu zdrowie. Po Mszy św., już zdrowy, prosi papieża by mu ów obraz podarował. Kiedy papież odmawia, postanawia go wykraść. Udaje mu się to dzięki pomocy zakrystianina kaplicy papieskiej. Powodowany chciwością, za obiecaną mu sumę 500 dukatów w złocie, wykrada on nocą obraz. Mikołaj pokryjomu ucieka z nim z Rzymu. Pomimo pogoni, dowozi go szczęśliwie do Kodnia. Rozgniewany papież rzuca klątwę na Mikołaja. Oświadcza przy tym, że kara klątwy cofnie, gdy Mikołaj zwróci obraz. Wezwany w tej sprawie do Nuncjusza Apostolskiego w Polsce - Viscontiego, oświadcza, że za żadne skarby obrazu nie odda. Stan taki trwał trzy lata. I oto sam Pan Bóg, w sposób widoczny, wkracza w tę całą niezwykłą historię. Tę Bożą interwencję oddaje doskonale tytuł powieści Zofii Kossak - - Szczuckiej "Błogosławiona wina". Autorka bardzo ciekawie opisuje całe to zdarzenie. Wina była, bo była kradzież i to rzeczy świętej. Ta wina dzięki Bogu staje się błogosławieństwem dla całego Podlasia i kraju. Tak to tylko Pan Bóg nawet ze zła potrafi wyprowadzić dobro. świadectwem tego są rzesze pielgrzymów przybywających tutaj przez wieki.

Ważnym przyczynkiem w historii tego obrazu staje się nieugięta postawa Mikołaja Sapiehy podczas posiedzenia Sejmu w 1634 roku. Otóż w obecności króla Władysława IV - grożąc zerwaniem sejmu - zdecydowanie przeciwstawia się jego pomysłowi poślubienia herotyckiej księżniczki Elżbiety, córki Fryderyka V Wittelsbacha, elektora Palatynu. Monarcha polski ulega presji - odstępuje od skrytykowanego przez Sapiehę zamiaru i żeni się z córką Cesarza Austrii, Renatą Cecylią. Obecny na tym zgromadzeniu Nuncjusz Visconti, pisze list do papieża Urbana VIII, w którym relacjonuje przebieg posiedzenia sejmu, w tym nieugiętą i korzystną dla Kościoła postawę Mikołaja Sapiehy. Prosi w nim papieża o darowanie winy Mikołajowi: zdjęcie z niego klątwy i pozostawienie cudownego obrazu w Kodniu. Papież się zgadza i tak cudowny obraz Matki Bożej pozostaje w Kodniu. Dalsza historia obrazu również obfituje w wiele wydarzeń. Ziemia Podlaska, na przestrzeni ostatnich wieków, wielokrotnie była sceną wojen, najazdów, a co za tym idzie, także zniszczeń, rabunków i pożarów. Nie oszczędzili jej Kozacy, Litwini, Szwedzi, Węgrzy. Najbardziej ucierpiało na tym Sanktuarium Matki Bożej. Dlatego z dawnych wot, pamiątek - świadczących o cudownej opiece Maryi - niewiele do dziś pozostało. Jest zastanawiające, i wręcz niezwykłe, że zawsze z wszelkich nieszczęść i zniszczeń, jakie dotknęły sanktuarium, Cudowny Obraz Matki Bożej wychodził cało. W bogatej historii obrazu na szczególną uwagę zasługują dwa zdarzenia.

Pierwsze miało miejsce w 1723 roku, gdy dziedzicem Kodnia był Jan Sapieha. Za jego staraniem cudowny obraz zostaje ukoronowany Złotymi Koronami Papieskimi - jako trzeci obraz na terenie Królestwa Polski i Litwy. Taka koronacja cudownego obrazu, czy figury, jest najwyższym wyróżnieniem w Kościele Katolickim. W ten sposób Kościół, przez samego papieża wskazuje i poleca wiernym obraz czy figurę, jako obiekt szczególnej czci i jako miejsce, gdzie Bóg w sposób wyraśny udziela nam swoich łask. Tak to Kodeń, przez cudowny obraz, stał się jednym z najstarszych i najczcigodniejszych miejsc kultu maryjnego w Polsce.

Wydarzenie drugie, bardzo ważne w historii obrazu i sanktuarium miało miejsce w roku 1875. Wtedy to na rozkaz cara, obraz został wywieziony na Jasną Górę, a sanktuarium ograbione z wszelkich sprzętów liturgicznych i przekształcone w cerkiew prawosławną. Obraz powrócił do Kodnia dopiero w 1927 roku, po 52 latach nieobecności. Dla mieszkańców Kodnia i całego Podlasia były to najczarniejsze lata w ich historii. Zabrano im Matkę. Wiązało się to z okrutnymi prześladowaniami Podlasian wyznania katolickiego, a szczególnie unickiego przez rząd carski. Mieszkańcy Podlasia nie zapomnieli jednak nigdy o swojej Kodeńskiej Pani. Z narażeniem życia przekradali się prze granicę zaborów i pielgrzymowali na Jasną Górę, gdzie w gościnie u Jasnogórskiej Pani przebywał Cudowny Obraz ich Matki. Umieszczony został w jednej z kaplic jasnogórskiej bazyliki. Od 1927 roku Cudowny Obraz Matki Podlasia, po poddaniu go gruntowej odnowie i wystawieniu przez dwa miesiące na widok publiczny w jednym z warszawskich kościołów, oraz w Kaplicy Zamku Królewskiego, wraca do Kodnia po 52 długich latach nieobecności. Z jakim utęsknieniem czekało Podlasie na ten powrót! Z jakąż radością go przeżywało! Miała miejsce uroczysta peregrynacja, począwszy od Siedlec. Od parafii do parafii, witana przez niezliczone tłumy wiernych. Nareszcie powróciła na swój kodeński tron - Matka i Królowa. Było to możliwe dzięki staraniom Arcybiskupa Krakowa, Księcia Adama Sapiehy - potomka Sapiehów kodeńskich i Księcia Biskupa Prześdzieckiego, Ordynariusza Diecezji Siedleckiej. Uroczystość powitania w Kodniu była wspaniała i bardzo radosna. Udział w niej wzięli liczni przedstawiciele Rządu, Senatu, Wojska, Episkopat Polski oraz tysiące wiernych. W tym samym 1927 roku opiekę nad Cudownym Obrazem i Sanktuarium Matki Bożej powierzono Zgromadzeniu Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej. Opiekę tę sprawują oni do dnia dzisiejszego.

Śledząc historię koronowanych wizerunków Matki Najświętszej w naszej Ojczyźnie, zauważymy, że w granicach dawnej Polski, Kodeń posiadał czwarty w kolejności obraz koronowany koronami papieskimi po warszawskim wizerunku Matki Bożej Łaskawej (1651 r.), Jasnej Górze (1717 r.) i Trokach na Litwie (1718 r.). Obraz Kodeński słynął licznymi łaskami. Stąd Jan Fryderyk Sapieha chcąc uczcić Matkę Najświętszą i dodać Jej jeszcze większego splendoru w obliczu przybywających do Niej pielgrzymów z Podlasia, Ziemi Chełmskiej i Polesia, zapragnął ukoronować wizerunek. Jan Fryderyk zwrócił się z prośbą w tej sprawie do papieża Klemensa XI. śmierć Papieża spowodowała odroczenie sprawy koronacji. Dopiero kolejna prośba do nowego papieża Innocentego XIII została wysłuchana. Koronację przeprowadził 15 sierpnia 1723 roku Biskup Łucki Stefan Rupniewski.

Po cudownym obrazie Matki Bożej Jedności, drugim skarbem, jaki od trzech wieków znajduje się w murach kodeńskiej świątyni, jest relikwia Głowy św. Feliksa - papieża i męczennika. Wśród wielu relikwii znajdujących się w kodeńskiej świątyni ta jest nie tylko najlepiej udokumentowana, ale również uważana jest za najcenniejszą i najbardziej czczona. Relikwię tę w roku 1679 otrzymali Radziwiłłowie z Białej Podlaskiej, bezpośrednio od Stolicy Apostolskiej. Prawdopodobnie otrzymała ją w wianie żona Jana Fryderyka Sapiehy Konstancja z domu Radziwiłłówna i przywiozła ją ze sobą do Kodnia. Już za życia Jana Fryderyka, św. Feliksowi był poświęcony ołtarz - jeden z czternastu ołtarzy bocznych. Znajdował się on na miejscu dzisiejszej ambony. Po zamianie sanktuarium na cerkiew w roku 1875 trumienka z głową św. Feliksa została przekazana do kościoła parafialnego w Huszczy. Do Kodnia powróciła dopiero po 1927 roku. Feliks - w języku łacińskim znaczy szczęśliwy, czyli Błogosławiony. Znaczy to tyle, co: szczególnie miły Bogu, znajdujący się pod Bożą opieką.

Jest w Kodniu zwyczaj, że gdy jest w świątyni zorganizowana grupa pielgrzymów, podchodzą oni do relikwiarza św. Feliksa wzbudzając przy tym dobrą intencję, czy życzenie dotyczące ich samych, bądś innych osób. W tym czasie pielgrzymi dotykają w milczeniu relikwiarza, a ojciec krzyżem misyjnym udziela papieskiego błogosławieństwa.

Założone we Francji Zgromadzenie Zakonne Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej służy ludowi Bożemu na Podlasiu od 75 lat. Na zaproszenie Ks. Biskupa Henryka Przeździeckiego przybyli Oblaci do Kodnia w połowie 1927 roku. 25 maja 1927 roku o. Prowincjał Franciszek Kowalski podpisał umowę o objęciu przez Oblatów Kodnia z dniem 4 września 1927 roku. Przybycie Oblatów do Kodnia upamiętnione zostało umieszczeniem na Rynku przed bazyliką, figury Maryi Niepokalanej. Figura Matki Bożej została poświęcona 8 grudnia 1927 roku. W roku 1936 miejsce tej figury zajęła nowa, wykonana z mielonego białego marmuru przez Wojciecha Durka z Kielc, jej poświęcenie miało miejsce w Zesłanie Ducha świętego w 1937 roku. W 1935 roku ma miejsce rozpoczęcie budowy domu pielgrzyma, którą prowadzi o. Mieczysław Wiśniewski - 14 sierpnia tego roku Ks. Biskup Prześdziecki poświęca kamień węgielny. Dwa lata póśniej po opuszczeniu przez ojców Studytów swej placówki w Zabłociu, posługę duchową podejmują tam Misjonarze Oblaci . W 1940 roku w Kodniu mieściło się Sanktuarium Misjonarzy Oblatów. W czasie okupacji zakonnicy dzielili los ludności kodeńskiej. We wrześniu 1939 roku sześciu ojców musiało opuścić Kodeń z nakazu policji, zakonnicy byli przetrzymywani jako zakładnicy, a w 1941 roku Gestapo aresztowało ojca Góreckiego, którego zwolniono po siedmiu tygodniach. W 1947 roku Oblaci podjęli posługę w parafii Kopytów z powodu braku kapłanów w diecezji. W sierpniu 1971 roku Departament do spraw Wyznań wydał zezwolenie na rozbudowę kodeńskiego klasztoru Oblatów, a 23 maja 1973 roku ojciec prowincjał Józef Tomys poświęcił nową część klasztoru. W maju 1981 roku rozpoczęto dobudowywać nowe skrzydło klasztoru, a od września 1983 roku w Kodniu zainicjował działalność nowicjat zakonny. Od 4 do 6 maja 1984 roku odbywało się I Ekumeniczne Spotkanie Młodych Chrześcijan, którego inicjatorem był Ojciec Andrzej Madej. W lipcu 1993 roku miały miejsce I oblackie dni odnowy, które były kontynuowane w 1994 i 1995 roku. W roku 1998, 12 lipca z udziałem księcia Michała Sapiehy dokonano otwarcia kawiarni i jadalni "U Sapiehy".